재정경제부와 국토교통부, 금융위원회 등 관계부처는 9일 다주택자 양도소득세 중과 유예 종료와 관련한 보완방안을 발표했다.

이번 조치는 당초 유예 종료 시한인 2026년 5월 9일은 그대로 유지하면서도, 토지거래허가구역 내 거래 특성상 허가 심사에 시간이 걸리는 점을 반영해 실수요자와 매도자 모두의 불확실성을 덜기 위해 마련됐다.

정부에 따르면 최근 토지거래허가 신청이 늘고 있고, 지역별 허가 처리 속도에도 차이가 나타나고 있다. 시·군·구청의 토지거래허가 심사 기간이 통상 15영업일 정도 소요되는 점을 고려하면, 4월 중순 이후에는 매수자를 찾아 허가를 신청하더라도 5월 초까지 허가 여부를 장담하기 어려운 상황이다.

이에 따라 정부는 허가 심사 절차 때문에 실제 매도 의사가 있는 다주택자가 양도세 중과 배제 혜택을 받지 못하는 사례를 막겠다는 방침이다.

보완방안의 핵심은 2026년 5월 9일까지 토지거래허가를 시·군·구청에 신청한 경우에도 일정 요건을 충족하면 양도소득세 중과를 적용하지 않는다는 점이다. 다만 허가를 받은 뒤 매매계약을 체결하고, 정해진 기한 안에 실제 양도까지 마쳐야 한다.

기존 조정대상지역인 서울 강남구·서초구·송파구·용산구의 주택은 계약일부터 4개월 이내, 다만 최종 기한은 2026년 9월 9일까지 양도해야 한다. 또 2025년 10월 16일 신규 지정된 조정대상지역 주택은 계약일부터 6개월 이내, 최종 기한은 2026년 11월 9일까지 양도해야 양도세 중과 대상에서 제외된다.

정부는 토지거래허가구역에서 다주택자가 제3자에게 임대 중인 주택을 무주택자에게 매도하는 경우에 대한 보완책도 함께 내놨다. 이 경우 2026년 5월 9일까지 시·군·구청에 토지거래허가를 신청하면, 매수자에게 적용되는 실거주 의무와 주택담보대출 실행 시 전입신고 의무가 한시적으로 유예된다.

실거주 의무는 2026년 2월 12일 기준으로 체결된 임대차계약상 최초 계약 종료일까지 유예되며, 최장 2028년 2월 12일까지 가능하다. 주택담보대출에 따른 전입신고 의무는 대출 실행일로부터 6개월 또는 임대차계약 종료일로부터 1개월 가운데 더 늦은 시점까지 유예된다.

정부는 제도 시행을 위해 관련 법령 정비에도 착수한다. 재정경제부와 국토교통부는 이번 보완방안을 반영한 「소득세법 시행령」과 「부동산거래신고법 시행령」 개정안을 2026년 4월 10일부터 17일까지 입법예고할 예정이다. 이후 국무회의 심의 등을 거쳐 2026년 4월 안에 공포·시행하는 것을 목표로 하고 있다.

이번 조치는 다주택자 양도세 중과 유예 종료라는 큰 틀은 유지하면서도, 토지거래허가 심사라는 행정 절차로 인해 시장 참여자들이 겪는 현실적 불편을 최소화하려는 성격이 강하다. 특히 허가 심사 기간과 실제 거래 일정 사이의 간극을 제도적으로 메우겠다는 점에서 시장의 혼선을 줄이는 데 일정 부분 도움이 될 것으로 보인다.

다만 실제 현장에서는 허가 신청 시점, 허가 통과 여부, 계약 체결일, 최종 양도일 등 세부 일정이 양도세 부담에 직접 영향을 미치는 만큼 거래 당사자들의 주의가 필요하다. 조정대상지역 내 다주택자와 실수요 매수자 모두 변경된 기준과 적용 기한을 꼼꼼히 확인해야 할 것으로 보인다.

문의 : 재부통이승수 (010-8579-6249)